Sem falar que a Rin teria que morrer pro Sanbi ter se tornado livre novamente. Eu acho que o trunfo do Madara é apenas cancelar o treco que ele fez pra salvar a vida do Obito, deixando ele morrer como no momento em que o encontrou. Obito não deve dominar ainda a técnica dos 'droids' de mokuton, levou pro Madara uma vida inteira até isso acontecer, e ele era um gênio. Obito ainda é muito novo e não é lá esse talento todo. Duvido que Obito consiga sobreviver, portanto, se Mad cancelar aquele treco, ao invés de tentar manipular o Obito.
A meu ver, Madara só está esperando pra ver se Obito acaba com seus inimigos por ele, antes de jogar fora sua chance de reviver (ao matar Obito), e de fazer o Jyuubi demorar pra dar respawn. Ele tá ao mesmo tempo aproveitando pra curtir seus últimos momentos enfrentando Hashirama, e dando tempo ao tempo, quem sabe, pra que ele possa se livrar do encosto da aliança sem estresse e passe a tentar seu plano com mais facilidade mais à frente. No momento em que Obito mostrar ser incapaz, no momento em que ele der condições do inimigo talvez selar o Jyuubi, Madara vai dar cabo da vida do Obito.
Sobre Naruto com Yin/Yang: eu acho que o Obito só faz isso pq além do chakra do Jyuubi ele tem o Rinnegan e o Mokuton. Em termos de elemento mesmo o Obito só alcança a quarta fusão, mesmo com um poder divino nas mãos. Yin/Yang combina "genjutsu" (Yinton) com os jutsus normais (Yangton), e isso o Naruto não tem como fazer sem rinnegan.
TALVEZ num futuro distante, Naruto e Sasuke juntos possam conseguir usar o Omniton, já que talvez o Sasuke atinja o Rinnegan, e talvez o Naruto alcance o Yangton com ajuda da Kyuubi. Mas Omniton é fora de escala, requer as duas linhagens do Rikudou.