O Kamui, em si, o Kakashi só foi despertar (ou pelo menos aprender a usar) no segundo arco, logo depois q o Naruto volta do treinamento com o Jiraya. Ele até menciona quando eles estão comendo ramen q ele recentemente desenvolveu um jutsu poderoso e talz...
Agora o MS, apenas, ele deve ter despertado aí mesmo. Só q, por não ser Uchiha e o caramba, ele não conseguia controlar. Acho q é q nem o Sasuke, levando em conta as devidas proporções; o Sasuke, quando despertou o MS, não saiu logo de cara usando Amaterasu e Susanoo. Não demorou mto, claro, até pq ele é o queridinho do Kishi e pq a trama precisava seguir em frente, mas o Sasuke não veio com a capacidade imediata de usar todos os jutsus do MS.
O Kakashi deve ser a mesma coisa. Considerando q ele raramente usava o sharingan (só quando o bicho pegava mesmo) e q o MS devia ser uma esponja de chakra (além de trazer cegueira), o Kakashi deve ter levado anos até aprender a usar o Kamui.
No mais, imagino se foi por causa dos ninjas da névoa terem tido parte na morte da Rin q o Obito controlou o Yagura e fez um banho de sangue lá na vila deles. Quero dizer, não tinha mta razão pra ele fazer aquilo, à não ser descontar sua raiva.
