Bom, o Obito ao menos não tinha Hatred. O Madara tem, e muito. Não tem como o Madara se tornar o Jinchuuriki do Jyuubi. Ele vai perder o controle se tentar, e vai perder o Bijuu, morrendo no processo, como aconteceu com tantos Jinchuurikis no passado. Existe um motivo pro treino das cataratas lá, na qual se luta contra seu eu. E o motivo é que é impossível controlar um Bijuu sem eliminar seu Hatred.
Madara já controlou a Kyuubi com apenas seu Sharingan, e Obito também. MAS, ele não pode ter acesso ao chakra da Kyuubi dessa forma. Pro Tsukyomi funcionar, é preciso do chakra do Jyuubi, e esse só é possível ser obtido através do processo de Jinchuurikificação, e passando pela etapa da eliminação do Hatred. Só Obito ainda pode se tornar o Jinchuuriki do Jyuubi e de fato tocar o plano pra frente. Se Madara sacrifica-lo para ressucitar, ele perde.
Ou então, terá que levar mais uns trocentos anos, que ele não tem, pra conseguir eliminar o Hatred. Provavelmente vai voltar a viver já na idade real que tinha, debilitado, e se voltar jovem, ainda seria muito tempo até ele aprender a ser de outra forma, e antes disso ele tentaria se jinchuurikificar e morreria no processo, não sendo possível nem ele usar o Edo Tensei pq ficaria descontrolado.
Pra história seguir, imagino que só com Obito sobrevivendo à ressucitação do Madara e ficando deveras debilitado. Ai, ele se tornaria jinchuuriki do Jyuubi, e debilitado ele se retiraria pra algum lugar longínquo, pra viver o restante da sua vida com suas ilusões eternas. Vilão final só o Sasuke mesmo. Ele não tem planos de utilizar os Bijuus, de prostituir os ideais do irmão mais velho. O terceiro arco se aproxima, e seu vilão mór será Sasuke!