Teoria muito louca e comprida sobre muitos mistérios em Naruto mas na qual eu baseei antecedentes de coisas que o Kishi gosta de fazer e pode usar dessa também:
Na dimensão do kamui o tempo se passa de forma diferente, que nem aquele bagulho em bleach, então após despertar o Kamui o Obito ficou indo pra lá treinar (visto que ele tem um tempo limite pra usá-lo), e acabou envelhecendo mais "rápido" e ao mesmo tempo amadurecendo suas habilidades, com a ajuda do Madara ele pode ter melhorado mais rápido suas habilidades e com os olhos dos pais dele conseguido no massacre dos Uchihas pode ter conseguido o FMS.
A Kyuubi pareceu reconhecê-lo porque ele possuia algumas habilidades e talvez até o estilo de luta do Madara.
Ele conseguiu convencer o Kisame que era o Madara pelo mesmo motivo.
Ele sabe o passado do Madara pelo mesmo motivo.
Ele quer destruir Konoha por ter sido treinado por Madara e esse ódio cresceu nele, no início tudo que ele queria era ser mais forte e mostrar pra Konoha que agora ele era legal e pantz e queria pegar a Rin no processo, que nem o blablabla do Naruto, mas aí a coisa desandou que nem com o Sasuke durante o treinamento do Obito com o Madara e ele acabou sofrendo uma lavagem cerebral ou simplesmente foi convertido à causa do Madara e pronto, a m*rda tá feita.
Ainda arrisco dizer que mesmo na alma o Madara ajudou Obito pra que o Obito fizesse aquilo que ele queria fazer, meio que um "sucessor de suas idéias", aquela história de manter o ideal mesmo após a morte que já foi muito abordado em Naruto.
Isso explicaria ele ter o controle sobre o Mizukage e, depois disso, não vemos o Tobi usando nada relacionado ao seu Sharingan exceto o Kamui, o próprio Madara poderia naquele tempo estar realmente controlando o Mizukage, e não o Obito.
Em algum ponto entre esta cena e a morte de Orochimaru o Madara morreu, a criação da Akatsuki pode ter sido seu último trabalho, e passar os olhos pro Nagato seu último esforço.
De alguma forma o Orochimaru conseguiu o corpo do Madara e o Kabuto ficou com ele depois da morte do seu mestre, Orochimaru que não é besta sempre insere uma espécie de controle nos seus corpos antes de fazer o Edo Tensei, então ele tem uma espécie de selo próprio para acabar com o Edo Tensei ou, no caso deste falhar (como aconteceu já que o Madara conhecia o jutsu) ele poderia selar o corpo, os movimentos dele, algo do tipo, e foi isso que o Sasuke leu naquele pergaminho e é para isso que ele precisa do Orochimaru para derrotar o Madara.
Orochimaru resolveu ajudar porque o Sasuke provavelmente lhe dará seu corpo (
) ao final da guerra já que Konoha estará destruída ao final dessa guerra e blablabla...
Portanto, Orochimaru e o Sasuke só aparecerão na batalha depois que o Madara e toda a galera tiverem derrotado a aliança ninja.