Bem, tem muita coisa MESMO pra justificar.
Eu acho que uma das justificativas que o KT pode vir a dar sobre o Isshin não ser reconhecido pela SS é hipnose do Aizen. Pode ter rolado alguma coisa errada, e assim como aconteceu com o Urahara, Isshin foi punido (e depois esquecido) por culpa do Aizen. Outra seria que ele, em algum momento, enfrentando alguém bizarramente forte (e que de alguma forma sumiu dos registros recentes da SS), ele usou o FGT e perdeu os poderes. Isso pode ter sido o que o fez ser expulso da SS, apesar de que o Ichigo recebeu os poderes de novo, O ICHIGO. Por que não dariam de volta a um capitão? Aí sim talvez a justificativa anterior se mesclasse com essa, ou seja, alguma tramóia do Aizen, fazendo ele parecer o culpado por tudo. Se perdeu os poderes, que se dane, foi condenado mesmo. Algo do gênero.
Esse conjunto de fatos explicaria a rivalidade dele com o Aizen e o fato de ninguém se lembrar dele. O fato do sobrenome do Ichigo ser Kurosaki não teria relevância, porque a Masaki poderia não ter nada a ver com o tumulto todo, poderia ser só Aizen e crias x Isshin mesmo. E nada diz que o Juhabach seja mesmo pai dela ou algo assim, acho que no final das contas nem vai ser (Já que ele aparenta ter algum problema quanto a ficar longe "das sombras" por um intervalo relevante de tempo).
Resumo: Aizen e Isshin entram em conflito de alguma forma, Isshin é obrigado a usar o FGT em alguma criatura bizonha e perde os poderes, além de ser julgado culpado (por seja lá o que essa criatura tenha causado na SS) pela central 46. Isshin não conseguiu salvar a Masaki porque ele estava sem poderes (mas outra coisa pode tê-la matado, como quincys do Juhabach).
EDIT: No capítulo -17, Renji e cia ainda estavam na academia, ou seja, Rukia realmente pode não fazer ideia de quem era o Isshin na SS. Isso, claro, admitindo que o -17 significasse 17 anos antes do capítulo 1 e que ele conheceu a Masaki e perdeu tudo uns 22~25 anos (digo 30 porque seriam 15 da vida do Ichigo + 7~10 dele conhecendo a Masaki, 15 porque ela parecia ter essa idade quando encontrou o Isshin) antes do começo da história. Problema é que nessa época o Aizen ainda tinha pouco controle da Hollowficação e etc., ou seja, Isshin lutou com outra entidade (pode ter sido contra os VLs que vocês comentaram).
Quero rever capítulos que falem sobre a família Shiba, eles tem que ter perdido o nome por causa do Isshin e isso teria que ter sido "recente" (antes do Kaien morrer, no entanto).